Tài liệu Nghiên cứu công nghệ rnai để kiểm soát bệnh virus ở lúa và cà chua

BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NT CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC04 BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU CÔNG NGHỆ RNAi ĐỂ KIỂM SOÁT BỆNH VIRUS Ở LÚA VÀ CÀ CHUA MÃ SỐ KC04 -11/2007-2010 Cơ quan chủ trì đề tài: VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP, VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM Chủ nhiệm đề tài: GS. TS. ĐỖ NĂNG VỊNH 8370 Hà Nội, 11- 2010 BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NT CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC04 BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU CÔNG NGHỆ RNAi ĐỂ KIỂM SOÁT BỆNH VIRUS Ở LÚA VÀ CÀ CHUA MÃ SỐ KC04 -11/2007-2010 Chủ nhiệm đề tài Cơ quan chủ trì đề tài GS.TS. Đỗ Năng Vịnh PGS.TS. Lê Huy Hàm Ban chủ nhiệm chương trình Bộ Khoa học và Công nghệ (ký tên) (ký tên và đóng dấu khi gửi lưu trữ) Hà Nội, 11- 2010 2 VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP __________________ CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự do - Hạnh phúc Hà nội , ngày tháng năm 2010 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN ĐỀ TÀI I. THÔNG TIN CHUNG VỀ ĐỀ TÀI Tên Đề tài/Dự án: Nghiên cứu công nghệ RNAi (RNA interference) để kiểm soát bệnh virus lúa và cà chua. Mã số: KC.04.11/06-10 Thời gian thực hiện: 36 tháng từ 12/2007 đến /11/2010 Kinh phí: 2.985 triệu đồng Chủ nhiệm Đề tài, Dự án: GS. TS. Đỗ Năng Vịnh. Chức danh khoa học: Nghiên cứu viên chính Chức vụ: Phó Viện trưởng Viện Di truyền Nông nghiệp Điện thoại: 7544711 Nhà riêng: 7870542 Mobile: 0903466990 Fax: 7543196 E-mail: [email protected] Tên tổ chức đang công tác: Viện Di truyền Nông nghiệp Địa chỉ tổ chức: Đường Phạm Văn Đồng, Từ liêm, Hà nội Địa chỉ nhà riêng: CT 1A, ĐN2, Chung cư Mỹ Đình, Từ liêm, Hà nội Tổ chức chủ trì đề tài: Viện Di truyền nông nghiệp Điện thoại: 7544712 Fax: 7543196 E-mail: [email protected] Địa chỉ: Viện Di truyền nông nghiệp, Từ Liêm, Hà Nội Họ và tên thủ trưởng tổ chức: PGS.TS. Lê Huy Hàm Số tài khoản: 301.01.035.1 Ngân hàng: Kho bạc Từ Liêm - Hà Nội II. TÌNH HÌNH THỰC HIỆN 1. Thời gian thực hiện đề tài/dự án: Theo Hợp đồng đã ký kết: từ tháng 12/2007 đến tháng 12/2010 Thực tế thực hiện: từ tháng 12/2007 đến tháng 12/2010 3 Được gia hạn (nếu có): - Lần 1 từ tháng…. năm…. đến tháng…. năm…. - Lần 2 …. 2. Kinh phí và sử dụng kinh phí: a) Tổng số kinh phí thực hiện: 2.985 triệu đồng, trong đó: + Kính phí hỗ trợ từ SNKH: 2.985 triệu đồng + Kinh phí từ các nguồn khác: + Tỷ lệ và kinh phí thu hồi đối với dự án (nếu có): b) Tình hình cấp và sử dụng kinh phí từ nguồn SNKH: Số TT 1 2 3 4 5 Ghi chú Theo kế hoạch Thực tế đạt được (Số đề nghị Thời gian Kinh phí Thời gian Kinh phí quyết toán) (Tháng, năm) (Tr.đ) (Tháng, năm) (Tr.đ) 1/2008 560.0 5/2008 550.0 7/2009 745.539 745.539 7/2009 900.0 3/2010 1305.948 1305.948 3/2010 759.0 8/2010 454.649 454.649 8/2010 216.0 11/2010 462.724 462.724 Tổng cộng 2985.0 2968.86 2968.86 Kinh phí đề tài được duyệt là: 3150.0 triÖu đồng. Kinh phí sau điều chỉnh: 2985 triệu đồng, lý do: Viện Di truyền Nông nghiệp đã đăng ký thực hiện nghiên cứu 4 loại virus: 3 virus RGSV, RTBV RRSV ở lúa và virus TYLCV ở cà chua. Qua một năm nghiên cứu, chúng tôi đã xác định bằng thực nghiệm 2 loại virus RGSV, RRSV lúa là phổ biến, trong khi chưa thấy mẫu bệnh do virus Tungro gây ra. Do vậy, chúng tôi xin đề nghị thôi không nghiên các chuyên đề về virus Tungro trong nội dung nghiên cứu của đề tài. Tổng phần kinh phí dự trù cho chuyên đề virus RTBV là 165,0 triệu xin chuyển trả nhà nước. c) Kết quả sử dụng kinh phí theo các khoản chi: Đối với đề tài: Đơn vị tính: Triệu đồng Số TT Nội dung các khoản chi 1 Trả công lao động (khoa học, phổ thông) Theo kế hoạch Tổng 990.0 SNKH 990.0 4 Nguồn khác Thực tế đạt được Tổng 825.0 SNKH 825.0 Nguồn khác 2 Nguyên, vật liệu, 1520.0 1520.0 1514.23 1514.23 năng lượng 3 Thiết bị, máy móc 50.0 50.0 50.0 50.0 4 Xây dựng, sửa 120.0 120.0 120.0 120.0 chữa nhỏ 5 Chi khác 470.0 470.0 459.63 459.63 Tổng cộng - Lý do thay đổi (nếu có): Giảm chi trả công lao động do điều chỉnh giảm bớt 01 đối tượng nghiên cứu (RTBV ở lúa); Giảm nguyên vật liệu do tiết kiệm khi đấu thầu; Giảm chi khác do tiết kiệm chi đoàn vào. 3. Các văn bản hành chính trong quá trình thực hiện đề tài/dự án: (Liệt kê các quyết định, văn bản của cơ quan quản lý từ công đoạn xác định nhiệm vụ, xét chọn, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực hiện... nếu có); văn bản của tổ chức chủ trì đề tài, dự án (đơn, kiến nghị điều chỉnh ... nếu có) Số Số, thời gian ban TT hành văn bản 1 Quyết định số 956/QĐ-BKHCN Ngày 11 tháng 6 năm 2007. 2 Tên văn bản Về việc phê duyệt danh mục đề tài thuộc các chương trình khoa học và công nghệ trọng điểm cấp nhà nước giai đoạn 2006-2010 để tuyển chọn thực hiện trong kế hoach năm 2007. Quyết đinh số Phê duyệt kinh phí 04 đề tài, 03 dự 2809/QĐ-BKHCN án sản xuất thử nghiệm ban đầu thực Ngày 27 tháng 11 hiện năm 2007 thuộc chương trình năm 2007 KH & CN trọng điểm cấp nhà nước giai đoạn 2006-2010 “Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học” Mã số KC04/06-10 Quyết đinh số Về việc phê duyệt các tổ chức, cá 1769/QĐ-BKHCN nhân trúng tuyển chủ trì thực hiện Ngày 28 tháng 8 các đề tài năm 2007 (đợt II) thuộc năm 2007 chương trình “Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ Sinh học” Mã số KC04/06-10 Quyết đinh số V/v phê duyệt kế hoạch đấu thầu 437/QĐ-BKHCN mua sắm vật tư, hóa chất năm 2009 Ngày 30 tháng 3 của đề tài KC.04.11 thuộc chương năm 2009 trình “Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ Sinh học” Mã số KC04/06-10 5 Ghi chú Quyết đinh số 1111/QĐ-BKHCN Ngày 13 tháng 6 năm 2008 Quyết đinh số 482/QĐ-BKHCN Ngày 1 tháng 4 năm 2009 V/v cử các đoàn đi công tác nước ngoài V/v điều chỉnh thời gian đi công tác nước ngoài của đề tài KC04/06-10 thuộc chương trình “Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ Sinh học” Mã số KC04/06-10 Quyết đinh số V/v phê duyệt kế hoạch đấu thầu 126/QĐ-BKHCN mua sắm vật tư, hóa chất của đề tài Ngày 1 tháng 4 KC.04.11 thuộc chương trình năm 2009 “Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ Sinh học” Mã số KC04/06-10 Quyết đinh số V/v điều chỉnh nội dung và kinh phí 1079/QĐ-BKHCN của đề tài KC.04/06-10 thuộc Ngày 19 tháng 6 chương trình KH&CN trọng điểm năm 2009 cấp nhà nước giai đoạn 2006-2010 “Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ Sinh học” Mã số KC04/06-10 Quyết đinh số V/v điều chỉnh nội dung và địa điểm 16/QĐ-BKHCN đi công tác nước ngoài của đề tài Ngày 08 tháng 01 KC.04/06-10 thuộc chương trình năm 2010 “Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ Sinh học” Mã số KC04/06-10 Quyết đinh số V/v cử cán bộ đi công tác, học tập ở 162/QĐ-KHNNnước ngoài TCCB Ngày 07 tháng 03 năm 2008 4. Tổ chức phối hợp thực hiện đề tài, dự án: Số TT Tên tổ chức đăng ký theo Thuyết minh Tên tổ chức đã tham gia thực hiện Nội dung tham gia chủ yếu 1 2 ... - Lý do thay đổi (nếu có): 6 Sản phẩm chủ yếu đạt được Ghi chú* 5. Cá nhân tham gia thực hiện đề tài, dự án: (Người tham gia thực hiện đề tài thuộc tổ chức chủ trì và cơ quan phối hợp, không quá 10 người kể cả chủ nhiệm) Tên cá nhân đăng ký theo Thuyết minh Chủ nhiệm đề tài PGS.TS. Đỗ NăngVịnh Tên cá nhân đã tham gia thực hiện Chủ nhiệm đề tài PGS.TS. Đỗ NăngVịnh 2 TS. Nguyễn Thuý Hà TS. Lê Quỳnh Mai 2 TS. Nguyễn Văn Đồng TS. Nguyễn Văn Khiêm Số TT 1 Nội dung tham gia chính Chỉ đạo quản lý các hoạt động chung của đề tài. - Tổ chức, phối hợp đào tạo, hợp tác quốc tế, hội nghị, hội thảo, tổng hợp báo cáo. - Chỉ đạo, kiểm tra, đánh giá kết quả thu thập và giám định mẫu bệnh, thiết kế vectors, chuyển gen, biểu hiện gen và chọn dòng chuyển gen. - Phân lập và tách dòng gen của một trong các virus gây bệnh vàng lùn và lùn xuăn lá ở lúa - Thiết kế các loại vector tái tổ hợp mang các RNAi gen tạo hpRNA có gen đích là gen của virus lúa. Thiết kế vector theo phương pháp Gateway - Thiết kế các loại vectors mang gen virus và các vectors mang gen RNAi với gen đích là CP gene. - Đánh giá biểu hiện của các gen RNAi 7 Sản phẩm chủ yếu đạt được Ghi chú* 3 TS. Phạm Xuân Hội ThS. Nguyễn Thành Đức 4 TS. Võ Thị Thương Lan TS. Hà Viết Cường 5 Lê Hùng ThS. Trần Ngọc Thanh 6 TS. Đoàn Duy Thanh ThS. Tạ Kim Nhung trong cây chuyển gen. - Phân lập và tách dòng gen của virus TYLCV cà chua - Thiết kế các loại vectors mang gen C1 (Rep) virus cà chua và các vectors mang gen RNAi có gen đích là C1 ở cà chua. - Đánh giá biểu hiện của các gen RNAi trong cây cà chua chuyển gen - Phân lập và tách dòng, nhân dòng RRSV, RGSV ở lúa, thư viện cDNA virus ở lúa - Phân lập RNA, DNA của các chủng virus thu thập. - Thiết kế các loại vector tái tổ hợp mang các gen CP virus cà chua và lúa và các gen RNAi có khả năng tạo hpRNA cho bất hoạt gen vỏ protein ở lúa và cà chua - Chuyển gen RNAi vào các giống lúa thông qua Agrobacterium và bắn gen - Chọn dòng có tính kháng virus. - Đánh giá biểu hiện của các gen RNAi trong cây cà chua chuyển gen 8 7 TS. Hà Thị Thuý 8 TS. Nguyễn Văn Huấn 9 TS. Phạm Thị Vượng TS. Hà Thị Thuý Thư ký đề tài - Giúp Chủ nhiệm đề tài trong công tác quản lý và phối hợp n/c của đề tài - Phân lập RNA, DNA của các chủng virus thu thập. - Thiết kế các loại vector tái tổ hợp mang các gen CP virus cà chua và lúa và các gen RNAi có khả năng tạo hpRNA cho bất hoạt gen vỏ protein ở lúa và cà chua ThS. Đỗ Thị - Phân lập và tách Thu Hương dòng gen của virus TYLCV cà chua - Thiết kế các loại vectors mang gen C1 (Rep) virus cà chua và các vectors mang gen RNAi có gen đích là C1 ở cà chua. TS. Phạm Thu thập mẫu lúa Thị Vượng và cà chua nhiễm bệnh virus - Đánh giá các dòng chuyển gen lúa và cà chua trong nhà lưới - Chọn dòng có tính kháng virus qua gây nhiễm nhân tạo. - Lý do thay đổi ( nếu có): Các cá nhân tham gia là TS Võ Thị Thương Lan và TS Lê Hùng thuộc khoa sinh học ĐHKHTN. Sau khi đề tài được phê duyệt, chúng tôi đã chuyển thuyết minh đề tài và các văn bản kèm theo đến TS Võ Thị Thương Lan và TS Lê Hùng đề nghị xác nhận nội dung tham gia nghiên cứu cụ thể để tiến tới ký kết hợp đồng 9 chính thức. Sau khi nghiên cứu tài liệu cả 2 tiến sỹ đều từ chối, thôi không tham gia đề tài nữa. Theo chúng tôi được biết, TS Hùng đã chuyển đi cơ quan khác, không còn làm việc tại ĐHKHTN nữa. Thay vào đó, chúng tôi đã thảo luận và mời TS Hà Viết Cường, chuyên gia virus , Giám đốc Trung tâm bệnh cây nhiệt đới thuộc Đại học Nông nghiệp I, cộng tác. 6. Tình hình hợp tác quốc tế: HỢP TÁC QUỐC TẾ CỦA ĐỀ TÀI (Quá trình hợp tác quốc tế (nếu có): tên đối tác nước ngoài; nội dung đã hợp tác; hình thức thực hiện; kết quả hợp tác, tác động của việc hợp tác đối với kết quả của đề tài). STT 1 Dr. Sunil K. Mukherjee thăm và làm việc tại Viện DTNN Đối tác Các nội dung hợp tác Thời gian thực hiện ĐOÀN VÀO IRRI, TS. Philippe Nội dung làm việc: Hướng dẫn Thời gian làm HERVE, Trưởng PTN kỹ thuật, giảng bài, thảo luận việc từ 25 Công nghệ SH lúa, Bộ hợp tác về RNAi ứng dụng ở tháng 11 đến 1 môn Di truyền và lúa. tháng 12- 2007. CNSH lúa, chuyên gia - Thảo luận về kỹ thuật phân về RNAi lập gen virus lúa và thiết kế vector RNAi - Làm việc với PTN về kỹ thuật thiết kế amiRNA - Bài giảng tại hội trường (chiều): Tổng quan về công nghệ sinh học lúa, cuộc Cách mạng xanh mới và vai trò của công nghệ RNAi. - Một số thành tựu mới về RNAi ở lúa và xây dựng kế hoạch hợp tác: Highly Specific Gene Silencing by Artificial microRNA in Rice Toward a second Green 10 Revolution? Hợp tác với ICGEB (thuộc Trung tâm kỹ thuật gen và CNSH quốc tế), nhóm nghiên cứu của TS. Sunil Mukherjee Chuyên gia về CNSH virus thực vật và công nghệ RNAi 2 - Đào tạo cán bộ cho Việt Nam về các phương pháp phân lập và giải trình tự gen virus ToLCV - Giải trình tự hệ gen (Genom DNA-A) của virus cà chua có độ dài lớn (khoảng từ 2700 – 2800 cặp nucleotide, gồm 6 gen khác nhau) - Tổng hợp nhân tạo gen có độ dài 500 nucleotide ( Viện Di truyền nông nghiệp và các viện trong nước chưa đủ điều kiện giải trình tự và tổng hợp đoạn gen dài như vậy. TS. Sunil Mukherjee 1/ Giảng bài (3 bài): Chuyên gia về CNSH 1. Overview of RNAi ( virus thực vật và công Tổng quan về công nghệ RNAi thuộc Trung nghệ RNAi ) tâm kỹ thuật gen và 2. Detection and CNSH quốc tế Mechanism of Viral Suppressors of RNAi ( Phát hiện và n/c cơ chế kìm hãm RNAi thực vật của virus) 3. RNAi Antipathogenic functions ( RNAi – Chức năng kiểm soát các tác nhân gây bệnh) 2/ Thảo luận các vấn đề kỹ thuật, hướng dẫn phân lập virus gây bệnh xoăn lá cà chua và kỹ thuật RNAi 3/ Thăm đồng ruộng, thu thập mẫu bệnh GS.TS. Pascal Gantet, Đại học Montpellier và nhóm n/c lúa ở IRD GS.TS. Pascal Gantet, Đào tạo và Hội thảo “Công 11 Thời gian làm việc: từ ngày 19 tháng 2 đến 2 tháng 3 năm … 2/6 đến 5/6/2009 3 tuần, tháng 6 Đại học Montpellier và nhóm n/c lúa ở IRD nghệ RNAi – Nguyên lý và ứng dụng” sẽ được tổ chức trong thời gian GS ở Việt Nam. Đoàn ra GS.TS. Đỗ Năng Vịnh, Chủ nhiệm đề tài. Nơi đến: Viện lúa quốc tế IRRI, Phillippine Nội dung và kết quả: - Đã thăm quan PTN, tập đoàn quỹ gen, đồng ruộng, nhà lưới nhà kính, học hỏi các thành tựu về di truyền chọn tạo giống lúa, nguồn gen kháng bệnh virus có liên quan đến đề tài. - Đã gặp gỡ và thảo luận với các chuyên gia có liên quan: TS. Darshan S. Brar, Trưởng khoa di truyền và CNSH của IRRI; TS. Phillippe Herve, Trưởng PTN CNSH lúa; TS. Tô Phúc Tường, P Tổng Giám đốc IRRI; TS. Hey Leung;về phương pháp nghiên cứu và khả năng hợp tác - Đã dự thảo hợp tác nghiên cứu và đào tạo ngắn hạn cho PTN về RNAi và virus lúa - Đã thu thập nhiều tài liệu và thảo luận hợp tác với các chuyên gia đầu ngành của IRRI về lúa và bệnh virus lúa như . Tuy vậy, nội dung hợp tác với IRRI sau đó gặp khó khăn v́ì chuyên gia chính về công nghệ RNAi của IRRI là TS Phillippe Herve, Trưởng PTN CNSH lúa đă rời IRRI sang Mỹ (làm việc cho Sygenta) - Ths Nguyễn Thành Thực tập về chuyển gen và Đức phân tích cây chuyển gen ở 12 và tháng 7, 2010 4 ngày, từ 10 tháng 3 đến 13 tháng 3 năm 2008. Thời gian 2 tháng/ người - Ths Tạ Kim Nhung, cán bộ phòng Thí nghiệm trọng điểm Viện Di truyền Nông nghiệp HỘI THẢO QUỐC TẾ lúa, phân tích cây trồng chuyển (60 ngày), gen biểu hiện các phân tử 15/5/2010 đến RNA nhỏ (miRNA) yêu cầu 15/7/2010. các kỹ thuật và trang thiết bị hiện đại ta chưa có. NỘI DUNG THỜI GIAN Tên Hội thảo: Ngày 05 tháng - Công nghệ RNAi – Nguyên lý 7 năm 2010 và Ứng dụng ( RNAi Technology-Principles and Application). Công nghệ RNAi – Nguyên lý và Ứng dụng; Địa điểm: Phòng Hợp tác quốc tế, tầng 2, nhà 01, Viện Di truyền Nông nghiệp Pascal Gantet: Nguyễn Thành Đức: - Nghiên cứu phân lập, giải trình gen virus gây bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa (RGSV và RRSV) và công nghệ RNAi ứng dụng tạo giống kháng bệnh ( Study on isolation and sequencing of rice virus (RGSV, RRSV) genes and application of RNAi for virus resistance breeding). Đỗ Năng Vịnh: Công nghệ RNAi - Định hướng nghiên cứu và phát triển (RNAi Technology – Proposal for Research and Delelopment) Trần Ngọc Thanh: - Nghiên cứu phân lập, giải trình DNA-A genom của virus gây bệnh xoăn lá cà chua (ToLCV) và công nghệ RNAi ứng dụng tạo giống cà chua kháng bệnh virus (Study on isolation and sequencing of DNA-A genome of Tomato Leave Curl Virus (ToLCV) and application of RNAi for 13 virus resistance breeding). Thảo luận Hướng hợp tác nghiên cứu và ứng dụng công nghệ RNAi ở Viện Di truyền Nông nghiệp Số TT I 1 Theo kế hoạch (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia...) Đoàn vào Đoàn vào 4 người x 1 lần x 15 ngày, Kinh phí: 50.000.000 đ (Năm mươi triệu đồng chẵn) 2 3 II 1 Đoàn ra Đoàn đi IRRI (Philipin) 1 người x 4 ngày Kinh phí: 20.300.000 đ(Hai mươi triệu ba trăm nghìn đồng chẵn) 2 Đi IRRI (Philipine) 2 người 3 tháng: Đào tạo thiết kế vector RNAi xác định các hpRNAi và Thực tế đạt được (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia...) Đoàn khách Philippine: 1 người, 7 ngày, từ ngày 25/11/2007 đến 1/12/2007, Kinh phí: 4.025.600 đ (Bốn triệu không trăm hai mươi lăm nghìn sáu trăm đồng) Đoàn khách Ấn Độ: 1 người (Ấn Độ), 14 ngày, từ ngày 18/2/2008 đến 2/3/2008, Kinh phí: 7.315.800 đ (Bảy triệu ba trăm mươi lăm nghìn tám trăm đồng) Đoàn khách Pháp: 1 người (Pháp), 19 ngày, từ ngày 24/06/2010 đến 12/07/2010, Kinh phí: 20.000.000 đ (Hai mươi triệu đồng chẵn) Đi Philipine : 01 người đi công tác tại Philippin. Số ngày công tác: 4 ngày, từ ngày 10/3/2008 đến 13/3/2008, Kinh phí: 15.785.100đ (Mười lăm triệu bảy trăm tám mươi lăm nghìn một trăm đồng) Đi Pháp: Cử đoàn 02 người đi công tác tại Trường Đại học Montpellier 2 - Pháp. 14 Ghi chú* siRNAi ở lúa, chuyển gen RNAi Kinh phí: 69.700.000 đ (Sáu mươi chín triệu bảy trăm nghìn đồng chẵn) 3 Số ngày công tác: 30 ngày, từ ngày 20/5/2010 đến 20/6/2010 Kinh phí: 184.214.900đ (Một trăm tám mươi tư triệu hai trăm mười bốn nghìn chín trăm đồng) Đi ICGEB - ấn Độ (1 người x 1 tháng): Thiết kế RNAi vector cà chua Kinh phí: 110.000.000 đ (Một trăm mười triệu đồng chẵn) - Lý do thay đổi (nếu có): Đề tài KC04.11/06-10 không thực hiện đi thực tập tại Philipin và Ấn Độ vì Viện nghiên cứu lúa Quốc tế IRRI (Phillipin) không bố trí được chuyên gia đào tạo về công nghệ RNAi và chúng tôi đã xin được 01 xuất đào tạo thực tập sinh tại Trung tâm ICGEB bằng nguồn kinh phí hỗ trợ khác. Bộ KHCN đã cho phép điều chỉnh kế hoạch hợp tác quốc tế của đề tài sang đi Pháp, nơi có nhóm chuyên gia sâu về công nghệ RNAi ở lúa. 7. Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị: Số TT 1 Theo kế hoạch (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm ) Thực tế đạt được (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm ) Ghi chú* Hội thảo: Công nghệ RNAi – Hội thảo: Công nghệ Nguyên lý và ứng dụng. RNAi – Nguyên lý và ứng Thời gian từ 8 giờ 30’ đến 16 dụng. giờ 30, ngày 05/7/2010. Địa điểm: Tại Phòng HTQT Viện Di truyền Nông nghi Kinh phí: 30.000.000 đ (Ba mươi triệu đồng chẵn) Thời gian từ 8 giờ 30’ đến 16 giờ 30, ngày 05/7/2010. Địa điểm: Tại Phòng HTQT - Viện Di truyền Nông nghi Kinh phí: 30.000.000 đ (Ba mươi triệu đồng chẵn) 8. Tóm tắt các nội dung, công việc chủ yếu: (Nêu tại mục 15 của thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, điều tra khảo sát trong nước và nước ngoài) a/ Nội dung đã được duyệt ban đầu 15 Các nội dung, công việc chủ yếu cần được thực hiện (các mốc đánh giá chủ yếu) Thời gian thực hiện Bắt Kết đầu thúc 4 2007 2008 Cá nhân, tổ chức thực hiện 1 1 2 Nghiên cứu phân lập các chủng virus gây bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa và xoăn lá cà chua ở Việt Nam 1.1 Thu thập mẫu bệnh xoăn lá cà chua và các mẫu bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa từ các vùng bệnh. 2007 2008 Xác định các mẫu nhiễm bệnh virusTYLCV cà chua và nhiễm virus ở lúa (RGSV, RRSV). 2007 2008 Giải mã được trình tự của các gen đặc thù gây bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa và xoăn lá cà chua. 2.1 Nghiên cứu phân lập DNA của virus RTBV ở lúa 2.2. Nghiên cứu phân lập DNA-A ở virus gây bệnh TYLCV cà chua . 2007 2009 2007 2008 Xây dựng thư viện cDNA từ một số phân đoạn gen của các chủng virus gây bệnh lúa có genom là RNA Xác định trình tự các phân đoạn DNA/ cDNA của từng chủng nghiên cứu và so sánh genom với các chủng tương tự trên thế giới Xác định trình tự và phân lập một số gen quan trọng ở các virus nghiên cứu. 2007 2008 2007 2008 Viện DTNN (TS. Hà 2007 2008 - Viện DTNN (TS.Hội, TS. Hà). 2.6 Thiết kế các cặp mồi đặc hiệu cho các gen quan trọng của các virus nghiên cứu 2008 2008 - Viện DTNN (TS. Hội, TS Hà) 3. Nghiên cứu thiết kế vectors mang gen virus và các vectors mang gen RNAi biểu hiện làm gây bất hoạt gen gây bệnh vàng 2008 2009 1.2 2 2.3 2.4 2.5 16 5 - VBVTV - VDTNN - VBVTV - VDTNN -Viện DTNN Viện DTNN - Viện DTNN, (TS. Hà) Viện DTNN (TS. Hà) lùn, lùn xoăn lá lúa và xoăn lá cà chua 3.1 ứng dụng các chương trình phần mềm khác 2008 nhau nhằm thiết kế trình tự gen mã hoá cho RNA dạng kẹp tóc (hpRNA) 2008 3.2 Xác định các intron, thiết kế các cặp mồi 2008 đặc hiệu để tái bản đoạn intron và lựa chọn được intron có độ dài tối ưu cho cấu trúc dsRNA. 2009 3.3 Nghiên cứu thiết kế các vector mang gen 2008 virus và vector mang RNAi với gen đích là CP gen hoặc C1 gen (Rep) ở virus TYLCV cà chua . 2009 3.4 Nghiên cứu thiết kế các vector mang gen 2008 virus và mang gen RNAi cho các gen đích khác nhau ở virus lúa (gen vỏ CP của các virus khác nhau ở lúa và một vài gen khác) Chuyển nạp vector mang gen thiết kế vào 2007 lúa, cà chua và đánh giá khả năng kháng bệnh của cây chuyển gen 2009 4 2010 4.1 Nghiên cứu xây dựng hệ thống tái sinh in vitro ở lúa và cà chua thích hợp cho việc chuyển gen 2007 2009 4.2 Nghiên cứu xây dựng quy trình chuyển gen RNAi vào lúa và cà chua 2009 2010 5 Nghiên cứu đánh giá mức độ kháng của 2009 cây chuyển gen đối với virus gây bệnh ở lúa và cà chua. 2010 5.1 Chọn lọc cây chuyển gen 2010 2009 17 - VDTNN (TS. Hà, TS.Hội,) - ĐHKHTN (TS. Lan, TS. Hùng) - VDTNN (TS Hà) - ĐHKHTN (TS.Lan, TS. Hựng) - VDTNN (TS. Hà) - ĐHKHTN (TS.Lan, TS. Hựng) - VDTNN (TS. Đồng TS. Hội, TS Huấn) VDTNN (TS. Thuý, TS Huấn, TS. Thanh) VDTNN (TS.Thuý, TS. Thanh, TS Huấn, TS. Đồng) - VDTNN (TS. Huấn) - VBVTV (TS.Vượng) 5.2 Đánh giá biểu hiện gen ở cây chuyển gen. 7 Viết báo cáo tổng kết đề tài 2009 2010 - VDTNN ( TS. Thanh, TS Huấn, TS. Đồng) - ĐHKHTN (TS. Lan, TS. Hựng) - VBVTV (TS.Vượng) - VDTNN - ĐHKHTN - VBVTV Xin điều chỉnh: - Bỏ hạng mục 2.1: “Nghiên cứu phân lập DNA của virus RTBV ở lúa” (trang 32, thuyết minh đề tài) và các nội dung, chuyên đề có liên quan đến virus gây bệnh Tungro (RTBV, RTSV) vì không tìm thấy virus và bệnh nay ở các vùng lúa. b/ Nội dung nghiên cứu sau điều chỉnh theo bảng dưới đây: Các nội dung, công việc chủ yếu cần được thực hiện; các mốc đánh giá chủ yếu 1 1 1.1 1.2 2 Nghiên cứu phân lập các chủng virus gây bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa và xoăn lá cà chua ở Việt Nam Thu thập mẫu bệnh xoăn lá cà chua và các mẫu bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa từ các vùng bệnh Thời gian thực hiện Bắt Kết đầu thúc 4 2007 2008 2007 Xác định các mẫu nhiễm bệnh virusTYLCV cà chua và nhiễm virus ở lúa (RGSV, 2007 RRSV) 2 Giải mã được trình tự của các gen đặc thù gây bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa và xoăn lá cà chua 2.1. Nghiên cứu phân lập DNA-A ở virus gây bệnh TYLCV cà chua 18 2007 Cá nhân, tổ chức thực hiện 5 - VBVTV - VDTNN 2008 - VBVTV - VDTNN 2008 -Viện DTNN 2009 - Viện DTNN 2.2 2.3 Nhân dòng cDNA của một vài phân đoạn gen của các chủng virus gây bệnh lúa có genom là RNA Xác định trình tự các phân đoạn DNA/ cDNA của từng chủng nghiên cứu và so sánh genom với các chủng tương tự trên thế giới 2007 2008 2008 2009 Viện DTNN 2.4 Xác định trình tự và phân lập một số gen quan trọng ở các virus nghiên cứu 2007 2008 - Viện DTNN 2.5 Thiết kế các cặp mồi đặc hiệu cho các gen quan trọng của các virus nghiên cứu 2007 2008 - Viện DTNN 3. Nghiên cứu thiết kế vectors mang gen virus 2008 và các vectors mang gen RNAi biểu hiện làm gây bất hoạt gen gây bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa và xoăn lá cà chua 2008 3.1 ứng dụng các chương trình phần mềm khác nhau nhằm thiết kế trình tự gen mã hoá cho RNA dạng kẹp tóc (hpRNA) 2008 2009 3.2 Xác định các intron, thiết kế các cặp mồi đặc hiệu để tái bản đoạn intron và lựa chọn được intron có độ dài tối ưu cho cấu trúc dsRNA. Nghiên cứu thiết kế các vector mang gen virus và vector mang RNAi với gen đích là CP gen hoặc C1 gen (Rep) ở virus TYLCV cà chua. Nghiên cứu thiết kế các vector mang gen virus và mang gen RNAi cho các gen đích khác nhau ở virus lúa (gen vỏ CP của các virus khác nhau ở lúa và một vài gen khác) Chuyển nạp vector mang gen thiết kế vào lúa, cà chua và đánh giá khả năng kháng bệnh của cây chuyển gen 2008 2008 - VDTNN - Trung tâm bệnh cõy nhiệt đới ĐHNN I - VDTNN 2008 2009 - VDTNN 2008 2009 - VDTNN 2008 2009 Nghiên cứu xây dựng hệ thống tái sinh in vitro ở lúa và cà chua thích hợp cho việc chuyển gen Nghiên cứu xây dựng quy trình chuyển gen 2007 2010 VDTNN 2007 2009 VDTNN 3.3 3.4 4 4.1 4.2 19 5 RNAi vào lúa và cà chua Nghiên cứu đánh giá mức độ kháng của cây 2009 chuyển gen đối với virus gây bệnh ở lúa và cà chua. 2010 5.1 Chọn lọc cây chuyển gen 2009 2010 5.2 Đánh giá biểu hiện gen ở cây chuyển gen. 2009 2010 7 Viết báo cáo tổng kết đề tài 2010 - VDTNN - VBVTV - VDTNN - VBVTV - VDTNN III. SẢN PHẨM KH&CN CỦA ĐỀ TÀI, DỰ ÁN 1. Sản phẩm KH&CN đã tạo ra: a) Sản phẩm Dạng I: Số TT Tên sản phẩm và chỉ tiêu chất lượng chủ yếu 1 1 3 Chủng virus gây chủng bệnh vàng lùn, lùn xoăn lá lúa và xoăn lá cà chua. 2 Trình tự của phân đoạn DNA- A của các chủng cà chua, các gen. CP (Coat protein) hoặc gen Rep (Replication). Trình tự DNA, cDNA virus gây bệnh vàng lùn và 3 Đơn vị đo Số lượng Theo kế hoạch 4 4-5 Thực tế đạt được 5 - Xác định được 14 chủng virus có trình tự gen khác biệt ở lúa và đã đăng ký các trình tự khác biệt ở NCBI - Xác định được 8 chủng virus ToLCV gây xoăn lá cà chua có trình tự genom DNA-A khác biệt và đã đăng ký các trình tự ở NCBI 14 trình tự gen của phân đoạn DNA-A genom của ToLCV, mỗi trình tự gồm 6 gen khác nhau của virus trình tự phân đoạn DNA-A. 4-5 Trình tự gen của virus Trình 14 trình tự gen khác nhau tự của của 2 loại virus (RGSV và 1-2 gen RRSV), mỗi loại 3 gen khác 20 Ghi chú