Tài liệu Nghiên cứu dịch tễ học bệnh dịch tả lợn cổ điển (classical swine fever) ở lợn tại miền bắc việt nam giai đoạn 2014 2017

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ NGUYỄN PHỤC HƢNG NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC BỆNH DỊCH TẢ LỢN CỔ ĐIỂN (CLASSICAL SWINE FEVER) Ở LỢN TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM GIAI ĐOẠN 2014 - 2017 Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 9 64 01 08 Người hướng dẫn khoa học: 1. GS.TS. Nguyễn Thị Lan 2. PGS.TS. Lê Văn Phan HÀ NỘI, 2019 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận án là trung thực, khách quan và chưa từng dùng để bảo vệ lấy bất kỳ học vị nào. Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận án đã được cám ơn, các thông tin trích dẫn trong luận án này đều được chỉ rõ nguồn gốc. Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận án Nguyễn Phục Hƣng i LỜI CẢM ƠN Trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận án, tôi đã nhận được sự hướng dẫn, chỉ bảo tận tình của các thầy cô giáo, sự giúp đỡ, động viên của bạn bè, đồng nghiệp và gia đình. Cho phép tôi được bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới GS.TS. Nguyễn Thị Lan và PGS.TS. Lê Văn Phan đã tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện đề tài. Xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Bệnh lý thú y, Bệnh viện thú y, Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã tận tình giúp đỡ, tạo điều kiện cho tôi trong quá trình học tập, thực hiện đề tài và hoàn thành luận án. Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, cán bộ Phòng thí nghiệm trọng điểm công nghệ sinh học thú y và Phòng thí nghiệm bộ môn bệnh lý, khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài. Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp đã tạo mọi điều kiện thuận lợi giúp đỡ tôi về mọi mặt, động viên tôi hoàn thành luận án./. Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận án Nguyễn Phục Hƣng ii MỤC LỤC Lời cam đoan ..................................................................................................................... i Lời cảm ơn ........................................................................................................................ ii Mục lục ............................................................................................................................ iii Danh mục các từ viết tắt .................................................................................................. vi Danh mục bảng .............................................................................................................. viii Danh mục hình ................................................................................................................. ix Trích yếu luận án .............................................................................................................. x Thesis abstract................................................................................................................. xii Phần 1. Mở đầu ............................................................................................................... 1 1.1. Tính cấp thiết của đề tài ........................................................................................ 1 1.2. Mục tiêu của nghiên cứu ....................................................................................... 2 1.3. Phạm vi nghiên cứu .............................................................................................. 3 1.3.1. Địa điểm nghiên cứu ............................................................................................. 3 1.3.2. Thời gian nghiên cứu ............................................................................................ 3 1.4. Những đóng góp mới của đề tài ............................................................................ 3 1.5. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài .............................................................. 3 1.5.1. Ý nghĩa khoa học .................................................................................................. 3 1.5.2. Ý nghĩa thực tiễn ................................................................................................... 3 Phần 2. Tổng quan tài liệu ............................................................................................. 5 2.1. Những nghiên cứu trong và ngoài nước về bệnh dịch tả lợn ................................ 5 2.1.1. Trên thế giới .......................................................................................................... 5 2.1.2. Ở Việt Nam ........................................................................................................... 8 2.2. Bệnh dịch tả lợn .................................................................................................... 9 2.2.1. Virus dịch tả lợn.................................................................................................... 9 2.2.2. Một số đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn .................................................... 19 2.2.3. Triệu chứng và bệnh tích bệnh dịch tả lợn.......................................................... 22 2.2.4. Các phương pháp chẩn đoán bệnh dịch tả lợn .................................................... 25 2.2.5. Phòng chống bệnh dịch tả lợn ............................................................................. 26 2.2.6. Xu hướng sản xuất vaccine phòng bệnh Dịch tả lợn hiện nay ........................... 28 2.2.7. Đáp ứng miễn dịch bệnh Dịch tả lợn và hiện tượng dung nạp miễn dịch ............... 32 iii Phần 3. Vật liệu và phƣơng pháp nghiên cứu ............................................................ 36 3.1. Nội dung nghiên cứu ........................................................................................... 36 3.1.1. Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn giai đoạn 2014 – 2017 tại miền Bắc Việt Nam................................................................... 36 3.1.2. Hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch ................................................. 36 3.1.3. Một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của các chủng virus phân lập được .............. 36 3.2. Vật liệu nghiên cứu ............................................................................................. 36 3.2.1. Số liệu nghiên cứu .............................................................................................. 36 3.2.2. Động vật thí nghiệm ........................................................................................... 36 3.2.3. Thuốc thử và vật liệu thử .................................................................................... 37 3.2.4. Thiết bị, dụng cụ ................................................................................................. 37 3.3. Phương pháp nghiên cứu .................................................................................... 38 3.3.1. Phương pháp nghiên cứu dịch tễ học .................................................................. 38 3.3.2. Phương pháp tính toán ........................................................................................ 38 3.3.3. Phương pháp xét nghiệm .................................................................................... 39 3.3.4. Phương pháp giải trình tự gen............................................................................. 45 3.3.5. Phương pháp xây dựng cây phả hệ ..................................................................... 45 3.3.6. Phương pháp phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử ........................................ 46 3.3.7. Phương pháp xử lý số liệu .................................................................................. 46 Phần 4. Kết quả và thảo luận ....................................................................................... 47 4.1. Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn giai đoạn 2014-2017 tại miền Bắc Việt Nam ..................................................................... 47 4.1.1. Xác định vùng nghiên cứu .................................................................................. 47 4.1.2. Xác định ca mắc bệnh dịch tả lợn ....................................................................... 48 4.1.3. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý ....................................................... 54 4.1.4. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo lứa tuổi, theo phương thức chăn nuôi và theo giống lợn nuôi ............................................................................................. 57 4.1.5. Hệ số năm dịch và hệ số tháng dịch của bệnh dịch tả lợn .................................. 60 4.1.6. Tỷ lệ hiện mắc và tốc độ mắc bệnh của bệnh dịch tả lợn ở đàn lợn nuôi từ 2014-2017 ........................................................................................................... 63 4.2. Hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch ................................................. 64 iv 4.2.1. Kết quả đánh giá hiện tượng mang trùng ở lợn nái và khả năng dung nạp miễn dịch ở lợn con ............................................................................................ 65 4.2.2. Kết quả đánh giá khả năng dung nạp miễn dịch ở lợn con sinh ra từ lợn nái được tiêm vaccine dịch tả lợn đầu thai kỳ .................................................... 68 4.3. Một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của những chủng virus dịch tả lợn phân lập được ...................................................................................................... 74 4.3.1. Kết quả giám định virus dịch tả lợn bằng kỹ thuật RT-PCR .............................. 74 4.3.2. Kết quả phân tích tính đa dạng di truyền của CSFV .......................................... 75 4.3.3. Đặc điểm biến đổi của gen E2 giữa các chủng CSFV ........................................ 80 4.3.4. Kết quả nghiên cứu phân tích phả hệ của CSFV tại Việt Nam........................... 87 4.3.5. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus gây bệnh dịch tả lợn tại Việt Nam theo không gian và thời gian ............................................................................... 91 Phần 5. Kết luận và đề nghị ......................................................................................... 95 5.1. Kết luận ............................................................................................................... 95 5.1.1. Một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn giai đoạn 2014-2017 tại miền Bắc Việt Nam............................................................................................. 95 5.1.2. Hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch ................................................. 95 5.1.3. Dịch tễ học phân tử của virus dịch tả lợn ........................................................... 96 5.2. Đề nghị ................................................................................................................ 96 Danh mục các công trình đã công bố có liên quan đến luận án ...................................... 97 Tài liệu tham khảo .......................................................................................................... 98 Phụ lục 2 ....................................................................................................................... 116 v DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Chữ viết đầy đủ 3’ NTR 3' nontranslated region 5’NTR 5' nontranslated region aa Amino acid BD Boder disease BDV Border Disease Virus BNNPTNT Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Bp Base pair BVDV Bovine Viral Diarrhea Virus cDNA Complementary deoxyribonucleic acid CI Confidence Interval CPE Cytophathogenic Effect cs Cộng sự CSF Classical Swine fever CSFV Classical Swine Fever Virus CSMBTBT Chỉ số mắc bệnh trung bình tháng Ctv Cộng tác viên DNA Deoxyribonucleic Acide dNTP Deoxyribonucleoside triphosphate EC European Community ELISA Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay FAO Food and Agriculture Organization HSTD Hệ số tháng dịch HSND Hệ số năm dịch HT Huyết thanh IHC Immunohistochemistry MB Mắc bệnh M-MLV Moloney murine leukemia virus mRNA Messenger Ribonucleic acid vi Chữ viết tắt Chữ viết đầy đủ NPLA Neutralization Peroxidase Linked Assay NS Nonstructural nt Nucleotide NXB Nhà xuất bản OIE Office International des Epizooties PCR Polymerase Chain Reaction RNA Ribonucleic Acide RT- PCR Reverse transcription-Polymerase Chain Reaction RT-nPCR Reverse Transcription – nested Polymerase Chain Reaction SNNC Số năm nghiên cứu TC Tổ chức TCID Tissue Culture Infective Dose TCVN Tiêu chuẩn Việt Nam TĐMM Tốc độ mới mắc TLHM Tỷ lệ hiện mắc TLTV Tỷ lệ tử vong TT Thông tư USA United States of America USD United States dollar VNUA Vietnam National University of Agriculture WTO World Trade Organization vii DANH MỤC BẢNG STT Tên bảng Trang 2.1. Kiểm tra độc lực của virus CSF.......................................................................... 15 4.1. Xác định ca bệnh mắc dịch tả lợn bằng phản ứng ELISA .................................. 49 4.2. Tần suất xuất hiện triệu chứng của lợn mắc dịch tả lợn ..................................... 50 4.3. Tần suất xuất hiện bệnh tích của lợn mắc dịch tả lợn......................................... 51 4.4. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý - cấp độ xã .................................... 54 4.5. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý - cấp độ đàn .................................. 55 4.6. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý - cấp độ cá thể............................... 55 4.7. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý - tỷ lệ tử vong ............................... 56 4.8. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo lứa tuổi............................................................. 58 4.9. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo phương thức chăn nuôi .................................... 58 4.10. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo giống lợn nuôi ................................................. 59 4.11. Hệ số năm dịch của dịch tả lợn từ năm 2014 - 2017 .......................................... 60 4.12a. Hệ số tháng dịch của dịch tả lợn từ 2014 - 2017 ................................................ 61 4.12b. Hệ số tháng dịch của dịch tả lợn từ 2014 - 2017 ................................................ 62 4.13. Tỷ lệ hiện mắc bệnh dịch tả lợn ở đàn lợn nuôi từ 2014 - 2017 ......................... 63 4.14. Tốc độ mắc bệnh dịch tả lợn ở đàn lợn nuôi từ 2014 - 2017 .............................. 64 4.15. Kết quả xét nghiệm lưu hành virus ở lợn nái trước khi phối giống.................... 66 4.16. Kết quả xét nghiệm kháng thể ở lợn con 35 ngày tuổi ....................................... 67 4.17. Kết quả xét nghiệm kháng thể ở lợn con 56 ngày tuổi ....................................... 68 4.18. Kết quả lấy mẫu để kiểm tra hiện tượng dung nạp miễn dịch ............................ 69 4.19a. Kết quả phòng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể ở lợn 35 ngày tuổi ................ 70 4.19b. Kết quả phòng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể ở lợn 35 ngày tuổi ................ 71 4.20a. Kết quả phòng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể ở lợn 56 ngày tuổi ................ 72 4.20b. Kết quả phòng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể ở lợn 56 ngày tuổi ................ 73 4.21. Tỷ lệ tương đồng nucleotide giữa các chủng Dịch tả lợn Việt Nam và các chủng tham chiếu ................................................................................................ 81 4.22. Tỷ lệ tính tương đồng Amino acid giữa các chủng Dịch tả lợn Việt nam và chủng tham chiếu ........................................................................................... 82 viii DANH MỤC HÌNH STT Tên hình Trang 2.1. Cấu trúc của virus dịch tả lợn ............................................................................. 10 2.2. Cấu trúc bộ gen Pestivirus .................................................................................. 11 4.1. Bản đồ miền Bắc Việt Nam ................................................................................ 48 4.2. Triệu chứng lâm sàng của lợn mắc Dịch tả lợn .................................................. 52 4.3. Bệnh tích đại thể của lợn mắc Dịch tả lợn .......................................................... 53 4.4. Bệnh tích đại thể của lợn mắc Dịch tả lợn .......................................................... 53 4.5. Kết quả giám định sự có mặt của virus CSF trong mẫu bệnh phẩm .................. 74 4.6. Tương đồng trình tự gen giữa các chủng CSFV dựa vào genome ..................... 76 4.7. Tương đồng trình tự gen giữa các chủng CSFV dựa vào gen E2 ....................... 77 4.8. Tương đồng trình tự gen giữa 15 chủng CSFV của Việt Nam dựa vào gen E2 ...... 78 4.9. Tỷ lệ % tương đồng về trình tự gen của chủng CSFV thu thập ở Việt Nam năm 1991 và 2013-2016 ............................................................................ 79 4.10. So sánh trình tự aa suy diễn do gen E2 mã hóa của các chủng CSFV của Việt Nam ............................................................................................................ 83 4.11. Chỉ số kháng nguyên tại các vị trí của protein E2 giữa các chủng virus gây bệnh dịch tả lợn của Việt Nam .................................................................... 86 4.12. Cây phả hệ của các chủng virus gây bệnh dịch tả lợn của Việt Nam dựa vào trình tự bộ gen của virus .............................................................................. 87 4.13. Cây phả hệ của virus gây bệnh dịch tả lợn dựa vào gen E2 ............................... 89 4.14. Cây phả hệ dựa vào trình tự gen E2 của 384 chủng virus gây bệnh dịch tả lợn ................................................................................................................... 90 4.15. Sự phát tán theo không gian và thời gian của virus dịch tả lợn .......................... 92 4.16. Sự phát tán theo không gian và thời gian của virus gây bệnh dịch tả lợn sub-genotype 2.1 và 2.2 tại Việt Nam ................................................................ 93 ix TRÍCH YẾU LUẬN ÁN Tên tác giả: Nguyễn Phục Hưng Tên luận án: Nghiên cứu dịch tễ học bệnh dịch tả lợn cổ điển (Classical swine fever) ở lợn tại miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2014 - 2017 Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 9.64.01.18 Tên cơ sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu Bệnh dịch tả lợn nằm trong danh mục những bệnh truyền nhiễm cần phải công bố dịch ở Việt Nam và nằm trong danh mục bệnh thuộc bảng A theo Tổ chức Thú y thế giới. Bệnh gây thiệt hại đáng kể cho ngành chăn nuôi lợn ở nhiều tỉnh thành. Bệnh có tốc độ lây lan nhanh, xảy ra ở lợn mọi lứa tuổi và có thể gây chết đến 100% đối với lợn con. Do sự thay đổi về điều kiện tự nhiên và điều kiện xã hội, phương thức và tập quán chăn nuôi, bệnh dịch tả lợn có thể đã có những đặc điểm khác biệt về mặt dịch tễ học. Mặt khác, một hiện tượng có tên là “Dung nạp miễn dịch” ở bệnh dịch tả lợn khiến lợn con không đáp ứng với vaccine tiêm phòng và mẫn cảm cao với virus dịch tả lợn cường độc lưu hành dẫn đến bùng phát dịch. Mục tiêu của đề tài là: (1) Đánh giá được tình hình dịch bệnh ở miền Bắc Việt Nam, xác định được một số đặc điểm dịch tễ học (tỷ lệ mắc bệnh, tỷ lệ chết, năm dịch, hệ số mùa dịch, hệ số tháng dịch…) theo không gian và thời gian. (2) Xác định được sự mang trùng và hiện tượng dung nạp miễn dịch ở đàn lợn nuôi và (3) Xác định một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus dịch tả lợn ở miền Bắc Việt Nam Phƣơng pháp nghiên cứu Có ba nhóm phương pháp chính được dùng trong nghiên cứu này, bao gồm: (1) phương pháp nghiên cứu dịch tễ học; (2) Phương pháp ELISA xác định kháng nguyên và xác định kháng thể và (3) Phương pháp phân tích đặc điểm sinh học phân tử và đặc điểm dịch tễ học phân tử. Kết quả chính và kết luận (1) Bộ số liệu về đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn ở miền Bắc Việt Nam (được phân chia theo vùng địa lý gồm có 03 vùng lớn là Tây Bắc Bộ, Đông Bắc Bộ và Đồng Bằng Sông Hồng): Tỷ lệ mắc bệnh dịch tả lợn theo cấp xã tại các địa phương dao động từ 38,75 ± 2,85% đến 42,50 ± 4,41%. Tỷ lệ mắc bệnh dịch tả lợn theo cấp độ đàn dao động từ x 29,72 ± 4,48% đến 58,33 ± 0,79%. Tỷ lệ mắc bệnh dịch tả lợn theo cá thể dao động từ 1,42 ± 0,18% đến 3,82 ± 1,36%. Lợn ở giai đoạn từ 1 – 3 tháng tuổi có tỷ lệ mắc bệnh cao nhất (5,96 ± 1,05%). Tỷ lệ mắc bệnh dịch tả lợn ở đàn lợn nuôi theo phương thức chăn nuôi nông hộ là cao nhất (5,92 ± 0,37%) trong khi yếu tố về giống lợn nuôi không ảnh hưởng đến tỷ lệ mắc dịch tả lợn. Tỷ lệ tử vong của bệnh dịch tả lợn trong quá trình điều tra dao động từ 92,13 ± 1,08% đến 94,01 ± 1,98%. Trong quá trình điều tra, hầu hết các tỉnh đều có hai năm dịch (hệ số năm dịch >1), chỉ có tỉnh Thái Bình là 3 năm và tại Sơn La, Nam Định là 1 năm có có HSND >1. Dịch tả lợn xảy ra tập trung vào thời điểm tháng 2 – 4 và 8-11 trong năm (hệ số tháng dịch >1). Tỷ lệ hiện mắc của dịch tả lợn là 2,26% đến 2,46% sau 3 năm điều tra trong khi tốc độ mắc bệnh dịch tả lợn là 0,0434 – 0,0474 con/tuần. Như vậy, đặc điểm dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn trong giai đoạn hiện tại đã có những thay đổi so với các nghiên cứu trong giai đoạn trước đây. (2) Kết quả xác định hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch: Khi kiểm tra hiện tượng mang virus ở lợn nái nuôi tại địa phương: Tỷ lệ lợn nái mang virus là 16,5% - 17.0%. Tỷ lệ lợn con âm tính với kháng thể dịch tả lợn lúc 35 ngày tuổi là 87,69% - 88,71%. Tỷ lệ lợn con âm tính ở 21 ngày sau tiêm phòng là 77,27% - 79,82%. Khi thực hiện thí nghiệm với đàn nái âm tính virus dịch tả lợn (nhưng được tiêm phòng bằng vaccine nhược độc dịch tả lợn vào 25 ngày sau khi phối), đàn lợn con sinh ra có hiện tượng âm tính với kháng thể dịch tả lúc 35 ngày tuổi dao động từ 83,17% đến 86,54% vào hai năm 2016, 2017. Tỷ lệ lợn con âm tính với kháng thể dịch tả lợn vào 21 ngày sau tiêm phòng dao động từ 76,09% đến 80,43%. (3) Dịch tễ học phân tử của virus dịch tả lợn: Kết quả phân tích phả hệ của của các chủng virus dịch tả lợn dựa vào trình tự đoạn genE2 cho thấy các chủng thu được từ Nam Định và Hải Dương thuộc 2 phân nhóm 2.1 và 2.2. Chủng virus dịch tả lợn phân lập thuộc phân nhóm 2.1 rất gần với các chủng GDPY, GDHZ, HN, and HNLY-11 lưu hành tại Trung Quốc trong giai đoạn 2008 – 2011. Trong khi chủng 2.2 có liên quan đến các chủng phân lập từ các nước Châu Âu (Đức, Áo, CH. Séc và Ý) và Châu Á (Đài Loan và Nepal). xi THESIS ABSTRACT PhD candidate: Nguyen Phuc Hung Thesis title: Epidemiological study of classical swine fever in northern Vietnam for the period 2014 - 2017. Major: Veterinary epidemiology Code: 9.64.01.18 Educational organization: Vietnam National University of Agriculture (VNUA) Research Objectives Classical swine fever (CSF) is in the list of infectious diseases that require to be reported in Vietnam and the A list of diseases by the World Organisation for Animal Health. Disease has caused considerable damage to the pig industry in many provinces. The disease is rapidly spreading, occurring in pigs of all ages and can kill up to 100% of piglets. Due to changes in natural conditions and social conditions, animal husbandry practices, CSF outbreaks may have epidemiological alterations. On the other hand, a phenomenon known as "immunological tolerance" in CSF causes piglets not to respond to vaccines and are highly susceptible to virulent CSFV, leading to outbreaks. The objectives are: (1) To assess the epidemic situation in Northern Vietnam, to identify some epidemiological characteristics (incidence, mortality, epidemic year index, monthly epidemic index, etc.) by space and time. (2) Identification of carriage and immunological tolerance in pig herds and (3) Identification of some molecular epidemiological characteristics of CSFV in Northern Vietnam Materials and Methods There are three main methods used in this study, including: (1) Epidemiological method; (2) ELISA for antigen and antibody determination and (3) Molecular biology and molecular epidemiological characterization determination. Main findings and conclusions 1) Data on epidemiological characteristics of CSF outbreak in Northern Viet Nam (divided by geographic region including three major regions: The Northwest, the Northeast and the Red River Delta): The incidence of CSF by commune level was from 38,75 ± 2,85% to 42,50 ± 4,41%; by the pig farm ranged from 29,72 ± 4,48% to 58,33 ± 0,79%; by individuals from 1,42 ± 0,18% to 3,82 ± 1,36%. Pigs from 1 to 3 months old xii had the highest incidence (5,96 ± 1,05%). The pigs which grew in backyard livestock were more susceptible to CSF, with the prevalence of 5,92 ± 0,37% while the breeding factor has no effect on the CSF incidence. The mortality rate of CSF during the survey ranged from 92,13 ± 1,08% to 94,01 ± 1,98%. Most provinces had epidemic index over one in two years whereas Thai Binh province was in 3 years and in Son La, Nam Dinh were in 1 year. CSF occurred from February to April and from August to November in the year. The prevalence of CSF was 2.26% to 2.46% after 3 years of investigation, while the rate of CSF was 0.0434 - 0.0474 pigs per week. Thus, the epidemiological characteristics of CSF in the current period have changed when compared with previous studies. 2) Results of identification of carrier and immune tolerance: testing the virus carriers in local sows showed: The rate of sows carrying the virus was 16.5% - 17.0%. The percentage of piglets negative for CSF antibody test at 35 days of age was ranged of 87.69% - 88.71%. The pigs at 21 days after vaccination were from 77.27% to 79.82% negative for CSF antibody test. When the sows were tested negative for CSF (but were vaccinated at 25 days after mating), the percentage of piglets negative for CSF antibody test at 35 days of age ranged from 83.17% to 86.54% in 2016 and 2017, respectively. The percentage of piglets negative for CSF antibody at 21 days after vaccination ranged from 76.09% to 80.43%. (3) Molecular epidemiology of CSFV: The results of phylogenetic analysis of CSFV in pigs based on E2 gene showed that the strains collected from Nam Dinh and Hai Duong belonged to 2 sub-groups 2.1 and 2.2. The isolates of subtype 2.1 were closely related to the GDPY, GDHZ, HN, and HNLY-11 strains circulating in China during 2008 to 2011 while strain 2.2 was associated with isolates from Europe (Germany, Austria, the Czech Republic, and Italy) and Asia (Taiwan and Nepal). xiii PHẦN 1. MỞ ĐẦU 1.1. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI Chăn nuôi lợn nước ta trong những năm gần đây đã phát triển nhanh chóng. Theo thống kê của tổ chức lương thực thế giới (FAO) trong những năm vừa qua Việt Nam được ghi nhận là nước chăn nuôi phát triển mạnh và cung cấp nhiều thịt lợn (từ 116 – 121 triệu tấn thịt lợn từ năm 2016-2018) (FAO, 2018). Tuy nhiên do tập quán chăn nuôi theo hướng truyền thống vẫn còn rất phổ biến, không có tính chuyên nghiệp nên dẫn đến hiệu quả kinh tế thấp. Trong công cuộc đổi mới của toàn Đảng, toàn dân, ngành chăn nuôi nước ta đang từng bước phát triển vững chắc, đạt nhiều thành tựu to lớn đáng khích lệ và dần trở thành một trong những ngành chính của nông nghiệp Việt Nam. Đặc biệt, khi Việt Nam trở thành thành viên thứ 150 của Tổ chức Thương Mại Thế giới (WTO), nhà nước đã có những chính sách điều chỉnh phù hợp như kinh tế trang trại, vốn tín dụng, chính sách đất đai, chính sách đầu tư nước ngoài... Tất cả các chính sách đó đều có ảnh hưởng đến sự phát triển của ngành nông nghiệp trong đó có chăn nuôi. Bước đầu đã có sự hình thành các khu vực, các cụm chăn nuôi mang tính hàng hóa phù hợp với phát triển của từng loại gia súc, gia cầm và đặc biệt có thể cung cấp những sản phẩm có chất lượng cao. Nhưng do tập tục chăn nuôi nhỏ lẻ, manh mún mà ngành chăn nuôi ở nước ta còn mang tính tự cung tự cấp, chăn nuôi tập trung, chăn nuôi hàng hóa theo quy mô trang trại chưa nhiều. Chất lượng sản phẩm chăn nuôi chưa đủ sức hội nhập và cạnh tranh. Từ đó, dẫn đến những khó khăn nhất định cho ngành chăn nuôi, đặc biệt là vấn đề kiểm soát dịch bệnh. Thời gian vừa qua, do hội nhập kinh tế quốc tế, việc giao lưu buôn bán động vật, sản phẩm động vật giữa các nước trên thế giới ngày càng mở rộng, tình hình dịch bệnh động vật cũng phát triển mạnh, trong đó có bệnh dịch tả lợn cổ điển (Classical Swine Fever) xảy ra tràn lan ở nhiều khu vực. Ở Việt Nam trong những năm gần đây, dịch tả lợn cổ điển liên tiếp nổ ra gây thiệt hại đáng kể cho ngành chăn nuôi lợn. Bệnh xuất hiện trong cả nước và xảy ra tương đối nghiêm trọng ở nhiều tỉnh thành. Bệnh có tốc độ lây lan nhanh, xảy ra ở lợn mọi lứa tuổi, đặc biệt trên lợn con, tỷ lệ chết có thể lên tới 100%. Một trong những đặc điểm quan trọng là lợn nái tạo cảm nhiễm qua nhau thai, gây chết phôi, sảy thai... Những 1 lợn con sống sót xuất hiện tình trạng dung nạp miễn dịch – không đáp ứng với vaccine tiêm phòng và mẫn cảm cao với virus dịch tả lợn cường độc lưu hành, dễ tạo ra sự bùng phát của dịch. Vì vậy, tổ chức dịch tễ thế giới xếp bệnh này thuộc bảng A, là bảng danh mục các bệnh nguy hiểm nhất. Bệnh dịch tả lợn do một loại Pestivirus, họ Flaviviridae gây ra, đó là bệnh truyền nhiễm gây tiêu chảy nặng, lây lan nhiều và không có thuốc đặc trị ở lợn mọi lứa tuổi với nhiều thể khác nhau, gây chết hoặc không. Lợn nhiễm bệnh duy trì mầm bệnh lâu dài gây thiệt hại trầm trọng về mặt kinh tế cho người chăn nuôi. Virus xâm nhập chủ yếu qua đường tiêu hóa, qua niêm mạc, qua vết thương ở da và một phần qua hệ thống hô hấp. Theo các nghiên cứu cho thấy bệnh dịch tả lợn lây truyền cả theo chiều ngang và chiều dọc. Ở nước ta, do tính chất nguy hiểm của bệnh, ngành Thú y đã có những biện pháp tích cực nhằm khống chế bệnh. Tuy nhiên bệnh vẫn luôn xảy ra và gây thiệt hại kinh tế nghiêm trọng. Các nhà khoa học trong lĩnh vực Thú y cũng bỏ nhiều công sức và cũng đã có nhiều công trình nghiên cứu công bố về căn bệnh và các đặc điểm dịch tễ học của bệnh, tuy nhiên do sự thay đổi về điều kiện thời tiết, khí hậu, thay đổi về điều kiện xã hội, phương thức và tập quán chăn nuôi thì các đặc điểm về dịch tễ học của một số bệnh cũng sẽ thay đổi, tìm ra được sự thay đổi đó sẽ là một phương hướng để đưa ra những biện pháp hiệu quả hơn trong công tác phòng chống bệnh. Cho đến hiện tại, chưa có một nghiên cứu hệ thống đầy đủ về dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn trên tổng đại diện đàn lợn nuôi tại miền Bắc Việt Nam. Vì vậy trước một diễn biến phức tạp của dịch bệnh, chúng tôi tiến hành nghiên cứu về dịch tễ học bệnh dịch tả lợn cổ điển ở lợn tại miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2014-2017. Đây là việc cần thiết và cấp bách trong bối cảnh hiện nay nhằm đưa ra những khuyến cáo và những giải pháp cấp thiết hỗ trợ cho công tác phòng chống dịch bệnh, giúp người chăn nuôi giảm thiểu thiệt hại trong quá trình chăn nuôi lợn. 1.2. MỤC TIÊU CỦA NGHIÊN CỨU - Cập nhật và phân tích một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn tại miền Bắc Việt Nam. - Xác định hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch của bệnh dịch tả lợn đối với lợn nuôi tại khu vực nghiên cứu. 2 - Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học phân tử những chủng virus dịch tả lợn phân lập tại miền Bắc Việt Nam 1.3. PHẠM VI NGHIÊN CỨU 1.3.1. Địa điểm nghiên cứu - Một số tỉnh phía Bắc Việt Nam gồm: Ba tỉnh Tây Bắc Bộ (Hòa Bình, Yên Bái, Sơn La), ba tỉnh Đông Bắc Bộ (Bắc Giang, Phú Thọ, Thái Nguyên) và bốn tỉnh Đồng Bằng Sông Hồng (Nam Định, Hà Nam, Thái Bình, Hải Dương). - Phòng thí nghiệm trọng điểm công nghệ sinh học thú y và Phòng thí nghiệm của Bộ môn Bệnh lý học của Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam. 1.3.2. Thời gian nghiên cứu - Từ tháng 01 năm 2014 đến tháng 12 năm 2017. 1.4. NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA ĐỀ TÀI - Xác định được sự thay đổi và cập nhật thông tin khoa học về đặc điểm dịch tễ học của bệnh Dịch tả lợn trong tình hình hiện tại (2014-2017) ở miền Bắc Việt Nam: Theo vùng địa lý (Tây Bắc Bộ, Đông Bắc Bộ, Đồng Bằng Sông Hồng); theo lứa tuổi, phương thức chăn nuôi, giống lợn nuôi; hệ số tháng dịch, hệ số năm dịch; tỷ lệ hiện mắc, tốc độ mắc bệnh. - Xác định được sự mang trùng và hiện tượng Dung nạp miễn dịch ở đàn lợn tại miền Bắc Việt Nam. - Nghiên cứu được đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus Dịch tả lợn ở miền Bắc Việt Nam 1.5. Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA ĐỀ TÀI 1.5.1. Ý nghĩa khoa học Đề tài cung cấp một số dữ liệu mới về đặc điểm dịch tễ của bệnh Dịch tả lợn và virus Dịch tả lợn trên địa bàn miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2014-2017. Luận án là tài liệu tham khảo tốt, phục vụ cho những nghiên cứu khoa học về bệnh Dịch tả lợn và tài liệu phục vụ giảng dạy trong lĩnh vực thú y. 1.5.2. Ý nghĩa thực tiễn Kết quả nghiên cứu của đề tài đã xác định rõ sự thay đổi về một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh Dịch tả lợn lưu hành trên địa bàn miền Bắc Việt Nam: Tỷ lệ mắc bệnh theo vùng địa lý, theo lứa tuổi, phương thức chăn nuôi, giống lợn 3 nuôi; hệ số tháng dịch, hệ số năm dịch; tỷ lệ hiện mắc, tốc độ mắc bệnh. Dựa vào những thông số dịch tễ học này, những nghiên cứu kế tiếp có thể ứng dụng để tính toán số lượng mẫu, so sánh tốc độ mắc bệnh góp phần đánh giá yếu tố nguy cơ của bệnh. Kết quả xác định về mang trùng tiềm ẩn và dung nạp miễn dịch là cơ sở để đưa ra những biện pháp phòng chống phù hợp như thay đổi lịch trình vaccine, đề xuất phương pháp kiểm soát bệnh thông qua xét nghiệm kháng thể dịch tả lợn. Việc nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus Dịch tả lợn đã chỉ ra được nguồn gốc sự lưu hành và sự phù hợp cho việc sử dụng vaccine phòng bệnh tại địa phương. 4 PHẦN 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1. NHỮNG NGHIÊN CỨU TRONG VÀ NGOÀI NƢỚC VỀ BỆNH DỊCH TẢ LỢN Dịch tả lợn là một bệnh quan trọng nằm trong danh sách loại A của OIE. Những bệnh thuộc trong danh sách A được định nghĩa như những bệnh truyền nhiễm có khả năng lây lan rất nguy hiểm và nhanh chóng, bất chấp biên giới quốc gia, trở thành hậu quả nghiêm trọng đối với kinh tế xã hội và sức khỏe cộng đồng (OIE, 1998). 2.1.1. Trên thế giới Bệnh dịch tả lợn là bệnh lây lan rất nhanh, tỷ lệ chết cao (có thể từ 60 90%). Bệnh thường ghép với phó thương hàn, tụ huyết trùng. Lợn mắc bệnh thường có triệu chứng bại huyết, xuất huyết ở nhiều cơ quan, bộ phận, hoại tử, loét niêm mạc đường tiêu hoá. Bệnh tiến triển ở nhiều thể khác nhau: quá cấp, cấp tính, mạn tính và thể tiềm ẩn (Nguyễn Bá Hiên và cs., 2013). Cho đến nay nguồn gốc của bệnh dịch tả lợn chưa được xác minh chính xác, hiện vẫn còn hai quan điểm song song tồn tại: Năm 1810 bệnh dịch tả lợn được Hanson (1957) mô tả đầu tiên ở Tenessce. Đến năm 1833, bệnh dịch tả lợn được thông báo đầu tiên ở Ohio (Bắc Mỹ), sau đó bệnh lan ra cả nước Mỹ nhất là vùng Cornbert, vì đây là vùng chăn nuôi lợn nhiều nhất (Hanson, 1957). Theo Fuchs (1968), bệnh xuất hiện đầu tiên ở Anh vào năm 1862, sau đó lây lan sang các nước châu Âu khác là Đan Mạch, Thụy Điển vào năm 1887. Các nhà khoa học Mỹ cho rằng bệnh xuất phát từ châu Âu và lan sang khắp các nước trên thế giới, ở Nam Mỹ năm 1899, Nam Phi năm 1900. Hiện nay bệnh dịch tả lợn vẫn tồn tại ở nhiều nước trên thế giới, thiệt hại về kinh tế do dịch tả lợn gây ra vẫn rất lớn. Năm 1997, các nước: Đức, Hà Lan, Italia, Tây Ban Nha, Bỉ có hơn 10 triệu con lợn bị giết hủy (Rassow, 1997). Ở Hà Lan tính đến ngày 31 tháng 12 năm 1997 có 424 ổ dịch trong một năm. Cộng hòa liên bang Đức từ tháng 11 năm 1982 đến 9 năm 1984 có 1457 ổ dịch xảy ra ở 248 đàn lợn giống, 777 đàn lợn thịt và 412 đàn hỗn hợp, với 395000 lợn bị xử lý (Oleksiewicz et al., 2003). 5 Theo OIE (1998), năm 1984 ở Mexico có 179 ổ dịch, Malaysia có 5 ổ dịch, Hàn Quốc có 45 ổ dịch. Năm 1997 dịch tả lợn xuất hiện ở Italia, Tây Ban Nha và Bỉ đều có nguồn gốc từ Hà Lan (Mesplede et al., 1999). Trong một thập kỷ từ năm 1999 đến năm 2009, người ta chỉ ghi nhận được một số ổ dịch xảy ra lẻ tẻ ở khu vực phía Đông của EU (Postel et al., 2013). Mặt khác, theo Postel et al. (2013); trong các năm 2011, năm 2012 đến năm 2015 vẫn phát hiện ra một số ổ dịch Dịch tả lợn tại một số nước như: Lithuania, Latvia… Theo OIE, từ năm 2014 tình hình dịch bệnh Dịch tả lợn vẫn xảy ra ở một số vùng Caribê (Cuba, Cộng hòa Dominic và Haiti) cũng như từ Bolivia, Columbia, Ecuador và Peru. Tuy nhiên, riêng lục địa châu Phi không phát hiện thấy ổ dịch nào (OIE, 2016). Báo cáo mới nhất của OIE (tính đến tháng 1 năm 2017) cho thấy: tại châu Mỹ không phát hiện thấy ổ dịch Dịch tả lợn, bao gồm: Canada, Chilê, Guiana thuộc Pháp, Mexico, Mỹ và một số tỉnh của Brazil (miền Trung và miền Nam) (OIE, 2017). Về địa dư bệnh lý, bệnh dịch tả lợn có tính chất phân bố toàn cầu. Theo Edwards (1998), bệnh xảy ra ở tất cả các nước có chăn nuôi lợn. Riêng các nước: Australia, Canada, Newzeland, Ireland, Thụy Sỹ và các nước thuộc bán đảo Scadinavia được coi là không có bệnh dịch tả lợn (Van, 1993). Biến đổi di truyền của chủng CSFV rất cao (Paton et al., 2000; Postel et al., 2012). Ba kiểu gen chính, bao gồm nhiều kiểu gen, đã được mô tả và phân bố toàn cầu của chúng khác nhau (Goller et al., 2016). Kiểu gen CSFV gây ra đợt bùng phát gần đây ở EU (Đức, Bulgaria, Latvia) thuộc kiểu gen 2.3 và chỉ có ngoại lệ kiểu gen 2. Tại Nga, mặc dù đã được tiêm vắc xin sống LK VNIIVVIM, đã được báo cáo về các trường hợp lợn rừng và lợn nuôi nhiễm bệnh, nhưng thông tin gen rất hạn chế. Một nghiên cứu gần đây nhấn mạnh rằng trong thập niên 90, các dòng phân lập gen 1 chủ yếu được phát hiện ở Liên bang Nga, trong khi các đợt bùng phát gần đây (20072014) đã được báo cáo về kiểu gen 2.1 và 2.3 (Titov et al., 2015; Vlasova et al., 2003). Gần đây kiểu gen 2.3 phân lập từ Nga có liên quan chặt chẽ với các phân lập Latvia (2012-2015) và các phân lập đã gây ra vụ bùng phát dịch tả CSF ở Trung Âu, như ở Pháp (2003) và Đức (2006). Báo cáo duy nhất về phân lập kiểu 6